孕期筛查并不能查出癫痫。癫痫是一种常见的神经性疾病，且一般是在胎儿出生之后才会患病，而且只有一小部分的癫痫是与基因相关的。孕期筛查能检查出胎儿的身体发育情况，如宫外孕，胎儿的生长发育情况等。在怀孕期间，胎儿的生长发育会因为各种因素而受到影响，导致有些婴儿出生即患有先天性疾病，有些先天性疾病是不能通过孕期筛查检查出来的，如胎儿有先天性心脏病、先天性听觉障碍、肢(指、趾)端异常、侏儒症等。
出生之后不久患癫痫的病人，大多数是与怀孕期间发育不好有关，孕期筛查虽然能诊断胎儿是否健康，但是孕期筛查是有一定的检查范围的，像癫痫这种先天性疾病是不能被查出来的，所以孕期筛查对于诊查癫痫是没有什么参考价值。患者可以通过脑电图检测来进行检查是否有癫痫，某些特殊情况的患者可以用头颅CT或核磁共振来检查，脑电图、头颅CT、核磁共振是临床上用来检测癫痫的有效手段。