12岁月经推迟三个月，可能是正常的生理现象，也可能是内分泌失调、多囊卵巢综合征等因素导致的，需要根据具体原因进行判断。

1、正常的生理现象

12岁女孩正处于青春期，此时体内激素水平会发生变化，出现月经推迟的现象，如果没有其他不适症状，通常是正常的生理现象，不需要进行特殊治疗。

2、内分泌失调

如果女孩学习压力过大，或者是作息不规律，可能会导致体内激素水平发生紊乱，从而出现内分泌失调的情况，导致月经推迟、月经量少等不适症状。建议患者可以适当调整作息，保持充足的睡眠，避免熬夜。也可以适当进行体育锻炼，如游泳、爬山等，有助于缓解压力过大的情况。

3、多囊卵巢综合征

多囊卵巢综合征是一种常见的生殖内分泌代谢性疾病，可能与遗传、环境等因素有关，患者可能会出现月经推迟、痤疮、多毛等不适症状。建议患者可以在医生指导下使用地屈孕酮片、醋酸环丙孕酮片等药物进行治疗。饮食上，患者可以适当进食富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，如鸡蛋、西红柿等。

除此之外，还可能是甲状腺功能减退症、子宫内膜异位症等因素导致的，建议患者及时前往医院就医治疗，以免延误病情。