腹膜透析的效果虽佳，但也存在一些并发症，应予重视和预防。
1.腹膜炎 以往发生率较高，但采用间歇透析法及一定的预防措施后已不常见。预防措施是提高无菌操作技术和在透析液中加入适量抗生素。
2.伤及内脏器官 伤及肠管是严重的少见并发症;插管时注意操作轻缓，即可避免。
3.出血 大量进行性出血多系损伤内脏所致，应及时停止透析并作适当处理;小量出血应严密观察，仍可继续透析。
4.透析液渗漏 可以在术中从透析管周围漏出，也可能在术后自切口漏出;常见于腹膜荷包缝合不严密，透析管放置过浅或外移，如发现从切口漏液，应立即缝合，包扎;如漏液严重，则应重新手术置管。
5.引流不畅 多由于粘连或肠管、大网膜阻塞透析管孔所致，应改用细孔的透析管或用肝素盐水反复冲洗;如仍旧无效，则应停止透析。