天王殿

　　天王殿是三门内第一重殿，正中供奉弥勒菩萨，弥勒菩萨像后供奉韦驮菩萨，东西两侧为四大天王。此殿面阔五间，采用歇山式重檐的建造模式，并饰以极具闽南特色的剪瓷，极为庄严雄壮。其中，四大天王塑像于1981年重塑时，采用了国家级“非遗”技艺漆线雕进行雕饰。此殿曾于1925年改建，2020年重新翻建。

大雄宝殿

　　大雄宝殿是寺院主体中心，是佛教寺院供奉佛像的正殿，此殿面阔五间，两侧罗汉堂朝拱主殿。大雄为佛的德号，大者，包含万有，雄者，慑伏群魔。殿内供奉本师释迦牟尼佛、东方药师琉璃光佛与西方阿弥陀佛，俗称“三方佛”。释迦牟尼佛左侧胁侍为头陀第一的迦叶尊者，右侧胁侍为多闻第一的阿难尊者。佛台左侧为手执香炉的色界天主大梵天王，右侧为手持莲花的欲界天主帝释天王。大殿主尊佛座板壁的背后供奉西方三圣。殿内诸佛菩萨塑像均为民国时期始塑。此殿1921年由时任住持的转逢和尚募化重建，于2006年重新翻建。

大悲殿

　　大悲殿是南普陀寺的重要殿堂，在闽南信众的心中具有特殊地位，供奉四面观音。大悲殿位于大雄宝殿后，面阔一间，高三层，呈八角亭式建筑，造型巧妙，结构严密。大悲殿内的四面观音像其正中一面为双臂观音，端坐在莲花上，其余三面为四十八臂，各有所执，表现出菩萨有多门度生悲愿。大悲观音像有多种，有两臂、四臂等，都是千手千眼观音的简化形式。此殿为清初收复台湾的大将施琅始建，称大悲阁，供奉玉佛观音像，后因火灾被毁，1930年由时任住持的太虚大师重修，供奉千手观音像，2016年进行了局部修缮。

藏经阁 法堂

　　南普陀寺的法堂和藏经阁是同一栋建筑，始建于1936年，2010年重新翻建。此殿为二层的楼阁式建筑，一楼法堂，为说法处。二楼是藏经阁，阁内珍藏佛像、法宝、大藏经等珍贵文物。

十八罗汉

　　十八罗汉供在大雄宝殿两侧，阿罗汉是指声闻乘中的最高果位名，含有杀贼、无生、应供等义。杀贼是杀尽烦恼之贼，无生是解脱生死不受后有，应供是应受天上人间的供养。佛经记载：释迦佛命十六位阿罗汉圣者不入涅槃，常住世间，作为世人供养培福的对象。佛教传到中国后，由原来的十六罗汉，加上达磨多罗尊者与庆友尊者，相传习久变为十八罗汉。

伽蓝殿

　　供奉保护伽蓝的十八位护法圣众。“伽蓝”，是梵语“僧伽蓝摩”音译的简称，原指僧众所居住的园林。随着佛教的普及，隋唐之后，因汉将关羽与佛法的灵感因缘，被奉为寺院的护法神，后伽蓝菩萨的相貌以关羽相代之，俗称“伽蓝菩萨”。

地藏殿

　　供奉地藏菩萨，为比丘身，结跏趺坐，右手持锡杖，表戒修精严；左手持如意宝珠，表遂心满愿，也表救护众生时照破幽冥。据《地藏菩萨本愿经》记载：地藏菩萨过去生中发誓：“地狱未空，誓不成佛；众生度尽，方证菩提。”后来释迦牟尼佛在忉利天宫为母说法，亲嘱地藏菩萨于佛灭度之后，以大誓愿力，分身尘刹，令一切众生不落恶道。

钟楼

　　楼内悬挂警众、报时的大钟，通常在朝暮课诵、重大法会活动之时由专人击钟，朝暮叩钟时，高吟宝偈，一句一叩，一百零八响钟声遍传十方，令一切众生：闻钟声，烦恼轻，智慧长，菩提生，离地狱，出火坑，愿成佛，度众生。

鼓楼

　　楼内悬挂警促、集众的大鼓，通常在朝暮课诵、重大法会活动之时由专人击鼓，连击三通，作风、雷、雨、电之势，令修行者驱散昏聩，振奋心力以修行办道。《五分律》云：“诸比丘布施，众不时集。佛言：若打犍椎，若打鼓吹贝。”