肛管尖锐湿疣可采用药物、物理及手术方法治疗。
1、药物治疗
肛管部位一旦出现尖锐湿疣的症状，需结合皮损用药治疗，比如鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏均属于外用药物，合理用药能够改善肛周红肿、疼痛等不适的表现。另外可采用抗病毒或是提高免疫功能药物治疗，比如转移因子胶囊等，但对于过敏体质者应当慎重用药。
2、物理治疗
结合肛管尖锐湿疣患者的病情，可采用物理方法治疗，应当根据肛周部位皮肤受损的情况选用激光、冷冻、电灼、微波以及光动力等方法来治疗。但对于妊娠期的患者不宜盲目采用此法治疗，以免引发流产症状出现，此外还要注意肛周部位的卫生，以免引发皮肤感染出现。
3、手术方法
如肛管尖锐湿疣患者的病情较为严重，且采用药物及物理方法治疗无效时，宜采用高频电刀、剪切术以及刮除术来治疗。对于皮损较少的患者，需考虑剪切术处理，必要时配合电灼等方法治疗，从而破坏残余的疣体。术后需定期去医院复诊检查，方便医生调整接下来的治疗方案。