顽固性滴虫性阴道炎一般发病后可采用一般治疗、药物治疗以及性伴侣的治疗三种方法。治疗后滴虫检查转阴性时，应于月经净后复查，并继续在月经后用药两个疗程，以巩固疗效。
1、一般治疗：每日清洗外阴，换洗内裤并消毒，保持外阴清洁，以防继发细菌感染。期间禁止性生活，好防御工作，并对内衣、生活用品进行消毒。
2、药物治疗：顽固性滴虫性阴道炎一旦发生，容易产生外阴瘙痒及红肿等表现，可给予患者药物治疗，比如甲硝唑片、替硝唑阴道栓剂，用药后能够起到杀菌以及止痒的疗效，有助于阴道健康的恢复。
3、性伴侣的治疗：考虑到滴虫阴道炎可通过性行为进行传播，因此在发病后性伴侣也应当同时进行治疗，并且要告知患者以及性伴侣在没有治愈之前应不宜进行性生活，否则会引发交叉感染出现，加重自身及他人的病情。与此同时患者的内裤及洗涤用的毛巾等，均应当单独清洗及存放，必要时可以煮沸5~10分钟，这样才能消灭病原体，降低感染的发生率。