咪喹莫特乳膏是可以治疗传染性软疣的。咪奎莫特乳膏属于免疫调节剂，能诱导免疫细胞产生肿瘤坏死因子，激活免疫细胞的免疫应答机制，起到抗病毒、调节免疫、清除疣体的作用。但这种药物对皮肤有一定的腐蚀性，不能长期使用，否则会导致皮肤红肿溃烂。
外用药物治疗传染性软疣，也可以选择酞丁安乳膏、鬼臼根树脂溶液，其中酞丁安乳膏具有抗病毒的作用，能抑制病毒DNA和蛋白质的合成。其次也可以口服抗病毒的药物，例如阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片。
传染性软疣也可以通过物理的方式来去除，比如激光治疗和电灼疗法。其中激光治疗是利用激光能量烧灼软疣增生的部位，这种方法适合面积比较小的，如果面积较大，激光后可能会留下疤痕。而电灼是利用高频产生高热进行烧灼、凝固组织。
选择药物治疗时一定要按照正确的剂量，避免过量引起不良反应。另外要注意传染性软疣具有传染性，可通过性生活进行传播，因此在治疗过程中要避免性生活。