蝙蝠从眼睛擦过是否有病毒需要根据具体情况进行判断，直接接触时可能携带病毒，距离较远时一般没有病毒。建议及时就医检查和治疗。
人体基础在36~37℃之间，蝙蝠的基础体温可以在-7.5~48.5℃之间浮动，两者间的差幅较大，因此，很多病毒在蝙蝠体内的适应性更强，且可能存在多种对人体致病性较高的病毒，从眼睛前擦过时接触结膜翅膀上的分泌物遗留在眼睛上，可能传播病毒，造成机体染病。蝙蝠仅从眼前飞过，没有造成实质性接触时，病毒缺少传播途径，通常不会造成身体生病。
机体与蝙蝠有直接接触或者食用蝙蝠污染过的食物后，应密切监测身体变化，出现发热、咳嗽、咳喘、痉挛等异常表现时，及时前往当地疾控中心进行报备，并进行专业隔离治疗，预防疾病传播。
日常避免生食肉食，户外活动时穿着长袖、长裤，做好身体防护，预防蛇虫叮咬；减少病毒传播环境的出行，保护身体健康。出现莫名高热、咳喘等情况时，及时就医治疗。