1、生殖器疱疹病毒hsv1合并神经系统病变。生殖器疱疹病毒可能经周围神经沿神经轴转入三叉神经节，hsv2则转入骶神经节长期潜伏于神经细胞内。如机体受到创伤、高热、过敏、月经等原因引起感染和复发时，会并发腰髓部神经炎、脊髓炎，出现臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痹等症。
2、生殖器疱疹合并宫颈癌、不孕不育。疱疹病毒与宫颈癌发生关系密切，据研究，宫颈癌患者中hsv-2的抗体阳性率明显高于正常人群。生殖器疱疹也可能是导致人工流产后不孕症以及男性不孕症的重要因素。
3、生殖器疱疹合并性传播疾病。如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、生殖器疱疹等混合感染，故在诊治中应该加以重视。
4、生殖器疱疹合并其他。合并播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。在艾滋病流行的地区，该病还可增加艾滋病病毒感染的危险性。