南京医科大学心血管内科创建于1952年，1981年和1986年分别被批准为硕士学位和博士学位授权点，1998年被授予临床医学博士后科研流动站。江苏省重点学科、江苏省心血管病临床医学中心，2007被评为重点学科。

南京医科大学心血管内科目前具有的学术梯队和稳定的研究方向、拥有亚太地区首台磁导航心脏血管介入系统的现代化的临床医学中心。现有博士生导师13人、硕士生导师14人、获特殊津贴6人、中华医学会心电生理与起搏分会副主任委员１人、中华心血管病分会常务委员１人、二级学会分会委员７人。

南京医科大学心血管内科有病床140余张。年门诊量约20万人次，年住院病人约4000人次。学科拥有四间国内一流水平的心导管手术室，年手术量已超过4000人次，以介入心脏病学为主要发展方向，已形成以博士群体为核心的起搏与心脏电生理、冠心病和先天性心脏病三个介入专业学组以及心脏分子细胞研究室、心血管病流行病学研究室和心脏无创性心脏检查研究室，在介入心脏病学领域已跻身于全国先进行列。

南京医科大学心血管内科近五年先后承担级课题21项，省部级课题76项。在国内、外发表论文600余篇，其中SCI收录论文84篇。主编学术专著36部。获得科技进步二等奖1项，中华医学科技奖三等奖3项。省部级奖项11项。仅2007年就获得“十一五”支撑计划１项、“973”计划课题１项，“863”课题1项，自然科学基金6项。