首儿所心脏外科是医院新兴学科和重点发展学科。遵循化、多学科的联合模式，以心脏内科、心脏外科和心脏重症监护室为核心，结合呼吸、重症、新生儿、神经、肾脏、腔镜外科、麻醉、病理生理和遗传研究等优势学科，建立先天性心脏病全方位综合治疗体系。引进CardioAccess专业数据库，手术评分与费城儿童医院、迈阿密儿童医院等数据接轨。设计床位21张，其中一二级监护床位15张。心脏外科、手术麻醉、体外循环、术后监护、术前诊断团队齐全，多名来自于北京安贞医院等国内外大型心脏中心，临床经验丰富，技术实力雄厚，手术创伤小，畸形矫治成功率高，并发症少。

心外科在治疗低龄、低体重复杂重症先天性心脏病方面成绩显著，涉及病种完全性大动脉转位、完全性心内膜垫缺损、、完全性肺静脉畸形引流、法洛四联症、右室双出口、肺动脉闭锁以及常见室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭、肺动脉狭窄等。科室特色是对于合并先天性心脏病及其他多脏器畸形如腹股沟疝、鞘膜积液、先天性巨结肠、肝脏肿瘤、多指畸形等可以一次住院、一次麻醉、一次手术解决全部问题，手术效果好。