泌尿外科，现有床位28张（VIP病房2间），医生7名，护士9名，其中主任医师1名，副主任医师1名，主治医师3名，住院医师2名，硕士研究生2名。开展的诊疗技术项目：肾上腺、肾、输尿管、膀胱、尿道、前列腺及男性生殖系统常见病、多发病的诊断和治疗。2002年组建了六合区人民医院碎石中心，现已成功开展体外震波碎石治疗泌尿系统结石数千例。近年来先后成功开展经尿道前列腺及膀胱肿瘤电切术、全膀胱切除以肠代替膀胱术、腹腔镜肾切除、肾囊肿切除、输尿管切开取石、肾上腺切除、钬激光碎石、经输尿管镜手术等多项新技术。2009、2012年连续两个周期泌尿外科被南京市卫生局评为“南京市医学重点专科”。