广州脑科医院于20世纪50年代始开展司法精神病鉴定，是我国早开展该项业务的机构之一。1998年我院成为广东省人民指定的精神疾病医学鉴定医院。2002年我院成立了独立的司法鉴定科，2004年3月由广东省司法厅批准成立面向社会服务的机构－－广州市精神病医院司法鉴定所，鉴定业务范围包括有法医精神病鉴定，法医物证鉴定。目前是国内司法精神病鉴定规模大的基地之一。

广州脑科医院司法鉴定拥有一支技术力量雄厚的鉴定队伍，现有经广东省司法厅认证，具有司法鉴定人执业资格的专兼职鉴定人员22人，职称16人，有博士学位者7人，有硕士学位者1人。该所注重以科研创新和交流合作来不断提高鉴定水平。近5年已完成和在研的省市级课题4项，并在全国率先将测谎技术运用于精神疾病的司法鉴定，使其成为识别伪装精神病的方法之一。

至今，医院已做司法精神病鉴定近3千例，包括刑事责任能力、民事行为能力等。同时还提供有关精神疾病临床医学鉴定、精神病人劳动能力鉴定、复工复学鉴定、婚前医学检查、计划生育检查、精神活性物质检测等专业服务。