第二军医大学长海医院药学部现有员工280余人，其中专业技术人员168人，职称16人，是一个集药学技术服务、制剂生产、临床药事管理、教学和科研于一体的现代化临床辅诊科室。现为卫生部临床药师和师资培训基地、全军临床药学中心、全军抗菌药物应用监测网数据管理中心。药物临床试验机构和通过WHO/SIDCER认证的伦理委员会。建有中医药管理局中药制剂三级实验室、获ISO17025认可证书的药学实验室和军队特需药品给药系统研究室。

药学部是药剂学、药理学、临床药学博士、硕士学位授权点，药学博士后流动站，是国内仅有临床药学专业学位授权点之一。现有博士生导师2名、硕士生导师6人。学科带头人高申为中国医院协会药事管理专业委员会副主任委员、药典委员会委员、卫生部合理用药委员会委员、卫生部临床药师工作委员会委员、药监局药品和化妆品评审、军队医院临床药学研究专业委员会主任委员、上海市医院药学专业委员会副主任委员等学术职务。

药学部具有独立开发和建设药学信息系统的能力，已建立比较完善和先进的医院药学信息系统，广泛应用自动化药品调剂设备和信息技术如条形码、RFID等，编制开发的软件如“军队抗菌药物临床应用监管与评价”等软件推广应用到70多家医疗机构，并建立了多中心医院的数据库。率先实现了静脉用药集中调配和单剂量自动摆药，并达到24小时病区全覆盖、全配送服务，建立了无人值守的定数模块化手术室药房，一体化的药品供应链管理模式。

药学部有近20名临床药师，开设了呼吸、消化、心血管、抗感染、抗凝、抗肿瘤、器官移植（泌尿外科、血液内科）等临床药学专业，为患者提供药学查房、药学会诊、治疗药物监测、个体化药物治疗、药学信息咨询、药品不良反应监测、患者用药教育及针对医务人员的合理用药宣教培训工作，并参与重大突发事件及危重症患者的抢救工作，为临床安全合理用药和各科危重病人救治提供优质的药学服务和技术保障。临床药师培训工作在国内开展较早、规模较大，特色鲜明，已连续8年为和军队培养大量专科临床药师，目前已达年均培养20名专科临床药师和25名临床药师带教师资的能力，同时还牵头负责上海市半年制临床药师培训工作，在国内颇具特色。

药学部负责全院药物临床试验的组织管理及I期临床试验的实施，2012年通过换证验收，获CFDA颁发的资格认定证书，多年承担了多项药物及医疗器械临床试验项目共计715项，其中Ⅰ期53项，Ⅱ期261项，Ⅲ期52项，Ⅳ期81项，多中心79项，进口注册75项，医疗器械114项，具有较高的研究水平和丰富的临床研究经验。并获得“重大新药创制”科技重大专项新药临床评价研究技术（GCP）平台建设2项。

药学部制剂室拥有固体、半固体、液体和灭菌制剂等多条生产线，配制制剂100余种，剂型20余种。在消化系疾病、皮肤疾病、肝病、肿瘤防治等方面形成了系列特色制剂。“胃脘舒冲剂”、“盐酸达克罗宁胶浆”先后获得新药证书。“感冒安颗粒”、“川芎注射液”、“无水乙醇注射剂”等特色制剂临床应用20余年，疗效确切，安全性好，深受患者欢迎。

药学部拥有多项军特药释药系统的关键技术，建成了“野战与特殊条件军队特需药品给药系统研究平台”，提升了医院制剂质量和水平，解决了军队医院临床危重、疑难救治的中的特殊需求，彰显了学科军事特色。获新药证书5项，军特药新药证书1项，新药临床研究批件5项，军队特需药品新药临床批件1项。

近五年来药学部获自然科学基金17项，科技部新药创制重大专项基金4项、973、863子课题、军队、上海市各类课题50余项，累计金额3000余万元；发表论文400余篇，其中SCI收录论文50余篇，总IF超过100分。获得教育部科技进步一等奖1项，上海市科技进步二等奖1项，中国药学会科技进步二等奖1项，军队医疗成果二等奖2项，军队科技进步二等奖1项，上海市自然科学三等奖1项，上海市医疗成果三等奖1项，中国药学会科技进步三等奖1项，军队教学成果三等奖1项等奖励；获发明专利授权41项，发明专利（PCT）1项，国防专利2项。主编《医院药学》、《生物药剂学》、《药物治疗学》等卫生部规划教材和专著10余部。

药学部在临床药师培养、药品信息化供应管理、药物临床试验、医院制剂和军特药研发等领域和美国匹兹堡大学、北卡罗莱纳大学、香港中文大学以及国内科研院所和企业有着广泛密切的合作，每年承办临床药师实践技能论坛、GCP和伦理技术学习班，主办《药学服务与研究》杂志，建立了良好的学术交流平台。

药学部经过几代人的努力，目前已形成了以临床药学研究、药学信息化研究、军队特需药品研发为特色的学科发展方向，学科整体实力明显提升，学科特色突出彰显，在国内享有盛誉。