消化内科是温州医学院附属二院重点科室，现有17位医师，其中主任医师2位，副主任医师5位，主治医师6位，博士生2位，硕士生8位，人才梯队较合理。

消化科不仅能诊治消化系统的常见病和多发病，还特别擅长于疑难少见疾病的诊治。该科在消化系危重疾病的救治方面有较高的成功率。科室主任郑君杰医师尤其擅长一些疑难的少见杂症的诊治，一些在国内外大医院长期误诊的病人，经其确诊，并获得满意的治疗，并在在消化系危重疾病的救治方面有丰富经验，常使一些濒危病人脱离危险。消化内镜中心主任薛战雄医师曾赴日本留学专修消化内镜技术，擅长各种疑难疾病的消化内镜诊治，其内镜的诊治技术在浙江省有较大的影响力，尤其擅长早期胃癌的诊治、消化腔道内支架放置、食管胃底曲张静脉的套扎、注射治疗、胆道系统疾病的十二指肠镜下治疗(ERCP)、EMR、ESD等。

内镜下治疗技术是消化科的特色项目，近年来先后开展ERCP及相关治疗项目（如：十二指肠镜下乳头切开取石术、壶腹球囊扩张取石术、鼻胆管引流术、胰胆管各种支架置入术等）；食管狭窄扩张治疗及支架置入术；内镜下注射止血、金属钛夹等各种止血治疗术；对消化道早期癌的粘膜切除术(EMR)；内镜下胃造瘘术；食管曲张静脉套扎及组织胶注射治疗术等，均取到了较好疗效，社会及经济效益显著，许多技术在浙南地区处于领先水平。今年来主持举办了全国早期胃癌研讨会、举办了三届省级继教项目“结肠镜单人操作术”，一届继教项目“结肠镜单人操作术”。扩大了该科在全省的影响。