内镜室是浦东地区设备及技术完善的专科之一，拥有先进内镜检查仪器和治疗设备，配备高档环扫及纵轴超声内镜，多项技术领先。内镜室现有医师5名，其中二名博士，一名硕士，一名主任医师，一名副主任医师，三名主治医师。每年胃、肠镜检查人数15000人次，超声内镜500人次，治疗人数800人次，急诊人数300人次。

内镜科开展了全部的内镜诊断及治疗术。常规开展胃镜、鼻胃镜，肠镜、无痛胃肠镜，超声内镜及十二指肠镜的检查。内镜治疗涵盖上下消化道疾病，如消化道的异物取出；食道狭窄扩张及支架置入；食道静脉曲张破裂出血的皮圈套扎治疗；胃、肠镜下的息肉摘除；胃肠道粘膜下病变的切除；胃镜下胃造瘘术；空肠营养管放置术；结肠狭窄扩张及支架置入。擅长胆胰疾病内镜下诊治，ERCP治疗超过2500例，包括胆胰管结石取出术、鼻胆管置入术；胆总管狭窄扩张术；胆总管及胰管支架置入术，胆瘘治疗术。超声内镜多项诊治疾病技术达先进水平。超声内镜引导下穿刺术；胰腺假性囊肿引流术；腹腔内癌痛内镜治疗；无水酒精胰腺癌直接瘤体注射等技术，具有领先水平。拥有多项内镜创新技术。获部级医学科技二等奖2项，恩德思医学科学技术杰出成就奖1项，发表论文60余篇。