2006年5月，在院庆120周年之际，同仁医院成立了风湿免疫科。尽管这是一个新兴的科室和专业，但是，经过数年探索，科室将风湿免疫的基本知识及治疗特长与医院眼科、耳鼻咽喉科的特长相结合，目前已经开拓出自己的医疗专业特色，即：风湿病眼病和风湿病耳鼻咽喉疾病的特色诊断和治疗。

对于常见的累及眼耳鼻咽喉的疾病如韦氏肉芽肿、复发性多软骨炎、白塞病、系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、强直性脊柱炎（系列）、干燥综合症、各种血管炎性疾病等。及早诊断和治疗风湿性眼病、风湿性耳鼻咽喉疾病可以从整个机体的水平达到治病目的，并防止复发和残疾。