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(一)主观方面不同。
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虽然玩忽职守罪与滥用职权罪的主观罪过，都是既可以由故意构成，也可以由过失构成，但是有所不同。滥用职权罪主要是由故意构成，个别情况下也可以由过失构成。其中，表现为故意的滥用职权，既可以是直接故意，也可以是间接故意表现为过失的滥用职权，既可以是过于自信的过失，也可以是疏忽大意的过失。玩忽职守罪主要由过失构成，少数情况下也可以由故意构成。其中，表现为过失的玩忽职守包括疏忽大意的过失和过于自信的过失，表现为故意的玩忽职守可以是间接故意，也可以是直接故意。
(二)侵犯的直接客体不完全相同。
虽然两罪都侵犯了国家机关正常行使国家权力、管理国家事务的活动，但两罪侵犯的直接客体还是有一定差别，前者是职务活动的正当性，后者是职务的勤政性。任何一个国家机关工作人员，都应当在职务活动中正确地履行职责，依法贯彻执行国家的方针、政策，一切胡作非为的滥用职权活动，都是对国家机关工作人员职务活动正当性原则地侵犯，从而危害到国家机关的正常管理活动。因此，滥用职权罪的直接客体是国家机关工作人员职务活动的正当性。国家机关工作人员，都应当恪尽职守，完成国家机关赋予的任务，一切擅离职守的不履行职责行为或马虎草率的不认真履行职责的行为，都是对国家机关工作人员职务活动勤政性原则的侵犯，从而危害到国家机关的正常管理活动。因此，玩忽职守罪的直接客体是国家机关工作人中职务活动的勤政性。
(三)客观方面不同。
首先，两罪的犯罪行为的性质和具体表现不同。滥用职权罪在客观方面的本质属性是对职权的“滥用”。这种“滥用”主要表现为两种情形：一是超越职权的滥用，即行为人超越法定权力范围，违法决定无权决定的事项、擅自处理无权处理的事务二是在其职权范围内违法行使职权的滥用，即行为人在其职权范围内违反法定办事程序，胡作非为，滥施淫威，随心所欲地违法处理公务。玩忽职守罪在客观方面的本质属性是对职守的“玩忽”。这种“玩忽”行为，主要表现为两种情形：一是不履行职责，即行为人严重不负责任，对法定职责义务，该为而不为，放弃职守、擅离岗位二是不认真履行职责，即行为人在履行职责但履责时严重不负责任，对法定职责义务，马虎草率、敷衍塞责。