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李渊晚年宠幸的嫔妃很多，生了滕王李元婴等近二十位小皇子，他们的母亲争相交结各位年长的皇子来巩固自己的地位。李建成和李元吉都曲意侍奉各位妃嫔，奉承、献媚、贿赂、馈赠，无所不用，以求得皇帝的宠爱。也有人说他们与父亲李渊的嫔妃张婕妤、尹德妃私通乱伦，宫禁幽深神秘，此事无从证实。当时，太子东宫、各王公、妃主之家以及后宫妃嫔的亲属，在长安横行霸道，为非作歹，而主管部门却不敢追究。由于李世民不去讨好诸位妃嫔，所以嫔妃们很生气，争相称赞李建成、李元吉而诋毁李世民。[18]
李世民平定盘踞在洛阳的王世充以后，李渊让贵妃等几人到洛阳挑选隋朝宫女和收取仓库里的珍宝。贵妃等人私下向李世民索要宝物并为自己的亲戚求官，李世民回答道：“宝物都已经登记在册上报朝廷了，官位应当授予贤德有才能和有功劳的人。”没有答应她们的任何要求，因此妃嫔们更加恨他。[19]
李世民因为淮安王李神通有功劳，赏赐给他几十顷田地。而李渊的嫔妃张婕妤得知后向李渊索要这些土地给自己的父亲，李渊便将属于李神通的土地赐给了张婕妤的父亲。而李神通因为秦王的赏赐命令在先，就没有将土地让出。张婕妤就向李渊告状，诬陷是秦王李世民夺走了李渊赏赐给她父亲的土地并赏给李神通。李渊因此发怒，责备秦王李世民。[19]
李渊的嫔妃尹德妃的父亲尹阿鼠骄横跋扈，秦王府的官员杜如晦经过他的门前，尹阿鼠的几名家僮把杜如晦拽下马，揍了他一顿并打断了他一根手指，说道：“你是什么人，胆敢过我的门前不下马！”尹阿鼠怕李世民告诉李渊，便指示尹德妃诬告李世民，对李渊说秦王李世民欺负她的家人。于是李渊又大为生气，训斥了李世民。李世民反复为自己澄清，但李渊始终不相信他。[19]
李世民每次在宫中侍奉高祖宴饮，面对诸位妃嫔，想起母亲太穆皇后早逝，没能看到高祖拥有天下，有时不免叹气流泪。高祖看到后很不高兴。各位妃嫔趁机暗中一同诋毁李世民道：“天下幸好平安无事，陛下年寿已高，只适合娱乐娱乐，而秦王总是一个人流泪，这实际上是憎恨我们，陛下作古后，我们母子必定不为秦王所容，会被杀得一个不留！”因此相互对着流泪，并且说：“皇太子仁爱孝顺，陛下将我们托付给太子，必然能获得保全。”高祖也为此很伤心。从此高祖打消了改立太子的念头，对世民逐渐疏远，而对李建成、李元吉却日益亲密了。[20]
武德七年（624年），齐王李元吉劝说太子李建成趁早除去秦王世民，他说：“我自当替哥哥亲手将他杀掉！”李世民随从高祖前往元吉的府第，元吉命令护军宇文宝埋伏在寝室里，准备刺杀世民。李建成生性颇为仁爱宽厚，连忙制止了他。李元吉恼怒地说：“我这是为哥哥着想，对我自己有什么好处！”[24]
李建成擅自召募长安及各地的骁勇之士两千多人，充当东宫卫士，让他们分别在东宫左右长林门驻扎下来，号称长林兵。建成还暗中让右虞候率可达志，从燕王李艺那里调集来幽州骁勇精锐的骑兵三百人，将他们安置在东宫东面的各个坊市中，准备用他们来补充在东宫担任警卫的低级军官，结果被人告发。高祖召见建成，把他责备了一番，将可达志流放到巂州。[25]
李建成随后又联络曾在东宫担任警卫的庆州都督杨文干，私下里让他募集勇士，送往长安。高祖李渊与秦王李世民、齐王李元吉前往长安以北的仁智宫避暑，留太子李建成在长安处理国事。李建成让李元吉乘机图谋李世民，他说：“关系到我们安危的大计，就决定在今年了！”随后李建成派两位属下郎将尔朱焕和校尉桥公山给庆州都督杨文干秘密送去一批盔甲和兵器。[26]
尔朱焕和桥公山到达豳州后，担心受到牵连不敢参与此事，便向豳州的官员告发李建成指使杨文干起兵叛乱，让他与自己内外呼应。还有一位宁州人杜凤举也前往仁智宫讲了这一情形。李渊大怒，借口有别的事情，以亲笔诏书传召李建成，让他前往仁智宫。李建成心中害怕，不敢前去。太子舍人徐师谟劝他占据京城长安，发兵起事；詹事主簿赵弘智劝他免去太子的车驾章服，屏除随从人员，到高祖那里去承认罪责。李建成于是决定前往仁智宫认罪。[26]
李建成决定前往仁智宫。还没有走完六十里的路程，李建成便将所属官员全部留下，只带领十多个人骑马前去进见高祖，向父皇伏地叩头，承认罪责，身体猛然用力，自己摔了出去，几乎晕死过去。高祖的怒气仍然没有消除。当天夜里，高祖将他囚禁在帐篷里，给他麦饭充饥，让殿中监陈福看守着他，派遣司农卿宇文颖速去传召杨文干。因李元吉与宇文颖交好，便让宇文颖告诉杨文干起兵，于是杨文干起兵造反。李渊派遣左武卫将军钱九陇和灵州都督杨师道攻击杨文干。[26-27]
李渊传秦王李世民商议此事，李世民说：“杨文干这小子竟敢做这种狂妄叛逆的勾当，想来他幕府的僚属应当已经将他擒获并杀掉了。如果不是这样，就应当派遣一员将领去讨伐他。”高祖说：“不能这样。杨文干的事情关连着李建成，恐怕响应他的人为数众多。你最好亲自前往，回来以后，我便将你立为太子。我不愿意效法隋文帝去诛杀自己的儿子，届时就把李建成降为蜀王。蜀中兵力薄弱，如果以后他能够侍奉你，你应该保全他的性命；如果他不肯侍奉你，你要捉拿他也容易啊。”[27]
李世民带领军队出发平叛后，李元吉与后宫嫔妃轮番替李建成求情，中书令封德彝又在外朝设法解救李建成。于是，高祖改变了初衷，又让李建成回长安留守。高祖只以他致使兄弟关系不和睦的过错而责备他，将罪责推给了东宫幕僚太子中允王圭、左卫率韦挺和天策上将府兵曹参军杜淹，将他们一并流放到了巂州。[27]
武德七年（624年）7月21日，杨文干攻陷宁州，驱赶劫掠官吏与百姓出城，占据了百家堡。秦王世民的军队来到宁州以后，杨文干叛军被击溃。杨文干被自己的部下杀死，他的头颅被传送到长安。[27]宇文颖被李世民所抓，李渊责问宇文颖和谋反，而后将宇文颖杀了[34]
有人劝高祖说：“突厥之所以屡次侵犯关中地区，是由于我们的人口与财富都集中在长安的缘故。如果烧毁长安，不在这里定都，那么胡人的侵犯便会自然平息下来了。”高祖认为有道理，便派遣中书侍郎宇文士及越过终南山，来到樊州、邓州一带，巡视可以居留的地方，准备迁都到那里去。[29]
太子李建成、齐王李元吉和裴寂都赞成这一策略，萧瑀等人虽然知道不应当如此，却不敢谏阻。秦王世民挺身而出，劝谏道：“北方少数民族为祸中原的情况自古就有。陛下凭着圣明英武，创建新王朝，安定中夏，拥有百万精兵，所向无敌，怎么能因有胡人搅扰边境，便连忙迁都来躲避他们，使举国臣民感到羞辱，让后世来讥笑呢?那霍去病不过是汉朝的一员将领，尚且决心消灭匈奴，何况儿臣还愧居藩王之位呢！希望陛下给我几年时间，请让我把绳索套在颉利的脖子上，将他逮到宫阙之下。如果到时候不成功，再迁都也为时不晚。”高祖说：“说得好。”李建成却说：“当年樊哙打算率领十万兵马在匈奴人中间纵横驰骋结果失败了，秦王的话该不会是和樊哙的相似吧！”李世民说：“面对的情况各有区别，用兵的方法也不相同。樊哙那小子有什么值得称道的呢！不超过十年，我肯定能够将漠北地区平定下来，并不是凭空妄言啊！”于是，高祖不再迁都。[29]
李建成与嫔妃因而共同诬陷李世民说：“虽然突厥屡次在边疆上为祸，但只要他们得到财物就会撤退。秦王假托抵御突厥的名义，实际上是打算总揽兵权，成就他篡夺帝位的阴谋罢了！”[29]
高祖在京城长安的南面设场围猎，太子李建成、秦王李世民和齐王李元吉都随同前往，高祖命令三个儿子骑马射猎，角逐胜负。李建成有一匹胡马，膘肥体壮，但是喜欢尥蹶子，李建成将这匹胡马交给李世民说：“这匹马跑得很快，能够越过几丈宽的涧水。二弟善于骑马，骑上它试一试吧。”李世民骑着这匹胡马追逐野鹿，胡马忽然尥起后蹶，李世民跃身而起，跳到数步以外站稳，胡马站起来以后，李世民再次骑到马身上，这样的情况连续发生了三次。李世民回过头来对宇文士及说：“他打算借助这匹胡马害我，但人的生死自有命运决定，就凭他们能够伤害到我吗?”李建成听到此言，乘机教唆与他偷情的嫔妃在李渊耳边诬陷李世民：“秦王自称：上天授命于我，正要让我去做天下的主宰，怎么会白白死去呢！”李渊大怒，先将李建成、李元吉二人召来，然后又把李世民召来，责备他道：“谁是天子，上天自然会授命于他，不是人的智力所能够谋求的。你谋求帝位之心怎么这般急切呢！”李世民摘去王冠，伏地叩头，请求将自己交付执法部门查讯证实自己没有说过这种悖逆之话，高祖仍然怒气不息。适逢有人奏称突厥前来侵扰，李渊这才改变了生气的面容，转而劝勉李世民，让他戴上王冠，系好腰带，与他商议对付突厥的办法。[30]
武德七年（624年）9月9日，李渊颁布诏书命令李世民与李元吉率领兵马由豳州出发抵御突厥，在兰池为他们饯行。每当发生敌情，李渊总是命令李世民前去讨伐敌人，但在战事平息以后，李渊对李世民的猜疑却越发加重了。[30]
武德九年（626年）6月，秦王李世民与太子李建成、齐王李元吉结下嫌隙以后，认为洛阳地势优越便利，担心总有一天会发生变故，打算离开京城长安，退守洛阳以自保，所以就让行台工部尚书温大雅镇守洛阳，派秦王府车骑将军张亮率领亲信王保等一千多人前往洛阳，暗中结交崤山以东的豪杰，等待事态变化，拿出大量的金银丝帛，任凭他们使用。李元吉告发张亮图谋不轨，张亮被交付法官考察验证。张亮从始至终一言不发，朝廷便释放了他，让他返回洛阳。[31]
之后李建成和李元吉在夜间设宴邀请李世民，暗中在酒中下毒。李世民突然心痛，吐血数升，淮安王李神通搀扶着他返回西宫。李渊来到西宫，询问世民的病情，敕令李建成：“秦王向来不善于饮酒，从今以后，你不能够再与他在夜间饮酒。”李渊因而对李世民说：“首先提出反隋的谋略，消灭敌雠，平定海内，都是你的功劳。我本打算立你为太子，你却坚决推辞。而且，李建成年纪最大，被立为太子已经很长时间了，我也不忍心夺去他的太子之位啊。我看你们兄弟似乎难以相容，一起住在京城里，肯定要发生纷争，我应当派你返回行台，留居洛阳，陕州以东的广大地区都归你主宰。我还要让你设置天子的旌旗，如汉朝梁孝王故事。”李世民哭泣着，以不愿意远离父皇膝下为由表示推辞。李渊说：“天下都是一家，东都和西都两地，路程很近，只要我想念你，便可动身前往，你不用烦恼悲伤。”[28]
李世民准备出发的时候，李建成和李元吉一起商议说：“如果秦王到了洛阳，拥有了土地与军队，我们便再也不能控制他了。不如将他留在长安，这样他就只是一个匹夫而已，捉住他也就容易了。”于是，他们暗中让好几个人以密封的奏章上奏高祖，声称：“秦王身边的人们得知秦王要前往洛阳，无不欢欣雀跃。看秦王的意向，恐怕他不会再回长安了。”他们还指使李渊宠信的官员以秦王去留的得失利弊来劝说李渊，李渊便改变了主意，秦王前往洛阳的事情又半途搁置了。[28]
李建成、李元吉与后宫的嫔妃日夜不停地向李渊诬陷李世民，李渊信以为真，便准备惩治李世民。陈叔达进谏说：“秦王为天下立下了巨大的功劳，是不能够废黜的。况且，他性情刚烈，倘若加以折辱贬斥，恐怕经受不住内心的忧伤愤怒，一旦染上难以预料的疾病，陛下后悔还来得及吗！”于是，李渊才没有处罚李世民。李元吉暗中请求杀掉秦王李世民，李渊说：“他立下了平定天下的功劳，而他犯罪的事实并不显著，用什么作为借口呢?”李元吉道：“秦王刚刚平定东都洛阳的时候，观望形势，不肯返回，散发钱财丝帛，以便树立个人的恩德，又违背陛下的敕命，不是谋反又是什么！只应该赶紧将他杀掉，何必担心找不到借口！”高祖不答应。[32]
秦王府的幕僚属官人人忧虑，个个恐惧，不知所措。行台考功郎中房玄龄对比部郎中长孙无忌说：“现在仇怨已经造成，一旦祸患暗发，岂只是秦王府不可收拾，实际上社稷的存亡都成问题。不如劝说秦王采取与周公平定管叔、蔡叔相似的行动，以便安定皇室与国家。存亡的枢机，形势的危急，就是现在了！”无忌说：“我有这一想法已经有很长时间了，只是不敢说出口。现在你说的这一席话，正好符合我的心愿。请让我代您禀告秦王。”于是，长孙无忌进入李世民的卧室告诉了李世民。李世民把房玄龄召来商议此事，房玄龄说：“大王功盖天地，应当继承皇帝的大业。现在大王担心危机发生，正是上天在帮助大王啊。希望大王不要疑惑不定了。”于是，房玄龄与秦王府属官杜如晦共同劝说李世民诛杀李建成、李元吉。[33]
李建成、李元吉因为秦王府拥有许多骁勇的将领，打算引诱他们为自己所用，便暗中将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟恭，并且写了一封书信招引他说：“希望得到您的屈驾眷顾，以便加深我们之间的布衣之交。”尉迟恭推辞说：“我是编蓬为户、破瓮作窗人家的小民，遇到隋朝末年战乱不息、百姓流亡的时局，长期沦落在抗拒朝廷的境地里，罪大恶极，死有余辜。秦王赐给我再生的恩典，如今我又在秦王府注册为官，只应当以死报答秦王。我没有为殿下立过功，不敢凭空接受殿下如此丰厚的赏赐。倘若我私自与殿下交往，就是对秦王怀有二心，就是见利忘义的小人，殿下要这种人又有什么用呢！”李建成大怒，便与他断绝了往来。尉迟恭将此事告诉了李世民，李世民说：“明公对我的忠心就像山岳那样坚实牢靠，即使他赠送给您的金子堆积到了北斗星，我知道明公的忠心还是不会动摇的。他赠给您什么，您就接受什么，这又有什么值得猜疑的呢！况且，这样做能够了解他的阴谋，难道不是一个上好的计策吗！否则，祸事就将降临到您头上了。”不久，李元吉指使勇士在夜间刺杀尉迟恭，尉迟恭得知这一消息以后，将层层门户敞开，自己安然躺着不动，刺客屡次来到他的院子，终究没敢进屋。于是，李元吉向李渊诬陷尉迟恭，把他关进奉诏命特设的监狱里审问处治，准备将他杀掉，由于李世民再三请求保全他的生命，这才得以幸免。[33]
李元吉又诬陷左一马军总管程知节，李渊将他外放为康州刺史。程知节对李世民说：“大王的辅佐之臣快走光了，大王自身又怎么能够长久呢！我誓死不离开京城，希望大王及早将定下计策。”李元吉又用金银丝帛引诱右二护军段志玄，段志玄不肯从命。李建成对李元吉说：“在秦王府有智谋才略的人物中，值得畏惧的只有房玄龄和杜如晦。”李建成与李元吉又向李渊诬陷他们二人，使他们遭到斥逐。[33]
李世民的心腹只剩下长孙无忌还留在秦王府中，他与他的舅舅雍州治中高士廉、右候车骑将军侯君集以及尉迟恭等人，日以继夜地劝说世民诛杀李建成和李元吉，李世民犹豫不决。[33]灵州大都督李靖、行军总管李勣也劝谏：“大王因功高被猜疑，愿效犬马之劳。[35]
武德九年六月初一丁巳日（626年6月29日），太白金星在白天出现于天空正南方的午位，按照古人的看法，这是“变天”的象征，是暴发革命或当权者更迭的前兆，代表要发生大事了。
适逢突厥郁射设带领数万骑兵驻扎在黄河以南，突入长城边塞，包围乌城，太子李建成便推荐齐王李元吉代替秦王李世民都督各路军马北征以抵抗突厥入侵。高祖听从了他的建议，命令元吉督率右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等人援救乌城。李元吉乘机请求让尉迟恭、程知节、段志玄以及秦王府右三统军秦琼等人与自己一同前往，检阅并挑选秦王帐下精锐的兵士以增强自己军队的实力。在太子的东宫中担任率更丞职位的王晊，已被秦王李世民收买，成为李世民在东宫的眼线，他悄悄告诉李世民：“太子对齐王说：‘现在，你已经得到秦王骁勇的将领和精锐的士兵，拥有兵马数万之多了。我与秦王在昆明池为你饯行，让勇士在帐幕里将秦王杀死，上奏父皇时就说他暴病身亡，父皇应该不会不相信。我自当让人进言，逼父皇将国家大事交给我处理。尉迟恭等人已经落到了你的手中，应该将他们悉数坑杀，谁敢不服！’”李世民将王姓官员的话告诉了长孙无忌等人，长孙无忌等人劝李世民先发制人。李世民叹息道：“骨肉相残，是古往今来的大罪恶。我当然知道祸事即将来临，但我打算在祸事发生以后，再举义讨伐他们，这不也是可以的吗！”尉迟恭说：“作为人之常情，有谁能够舍得去死！现在大家誓死侍奉大王，这是上天所授。祸事马上就要发生，大王却仍旧神态自若，毫不担忧。即使大王把自己看轻，又怎么对得起宗庙社稷呢！如果大王不肯采用我的主张，我就准备逃身荒野草泽，不能留在大王身边，拱手任人宰割！”长孙无忌说：“如果大王不肯听从尉迟恭的主张，事情肯定要失败了。尉迟恭等人肯定不会再追随大王，我也应当跟着他们离开大王，不能够再事奉大王了！”李世民说：“我讲的意见也不能完全放弃，明公再计议一下吧。”尉迟恭说：“如今大王处理事情犹豫不定，这是不明智的；面临危难，不能决断，这是不果敢的。况且，大王平时畜养的八百多名勇士，凡是在外面的，现在都已经进入宫中，他们穿好盔甲，手握兵器，起事的形势已经形成，大王怎么能够制止得住呢！”[14]
李世民征求秦王府幕僚们的意见，大家都说：“齐王凶恶乖张，是终究不愿意事奉自己的兄长的。近来听说护军薛实曾经对齐王说：‘大王的名字，合起来可以成为一个唐字，大王终究是要主宰大唐社稷。’齐王欢喜地说：‘只要能够除去秦王，夺取东宫太子之位就易如反掌了。’他与太子谋划作乱还没有成功，就已经有了夺取太子之位的心思。作乱的心思没有满足，又有什么事情做不出来呢！假使这两个人如愿以偿了，恐怕天下就不再归大唐所有。以大王的贤能，捉拿这两个人就如拾取地上的草芥一般容易，怎么能够为了信守匹夫的节操，而忘了国家社稷的大事呢！”李世民仍然没有决断，大家又问道：“大王认为舜是什么样的人呢?”李世民答道：“是圣人。”大家说：“假如舜帝在疏通水井的时候没有躲过父亲与弟弟在上面填土的毒手，便化为井中的泥土了；假如他在涂饰粮仓的时候没有逃过父亲和弟弟在下面放火的毒手，便化为粮仓上的灰烬了，怎么还能够让自己恩泽遍及天下，法度流传后世呢！所以，舜帝在遭到父亲用小棒笞打的时候便忍受了，而在遭到大棍笞打的时候便逃走了，这大概是因为舜帝心里所想的是大事啊。”李世民命人算卦以卜吉凶，恰好秦王府的幕僚张公谨从外面进来，便将占卜的龟壳夺过来扔在地上，说：“占卜是为了决定疑难之事的，现在事情并无疑难，还占卜什么呢！如果占卜的结果是不吉利的，难道就能够停止行动了吗?”于是便定下了行动计划。[15]
李世民命令长孙无忌秘密地将房玄龄等人召回，房玄龄等人不答应回秦王府，说道：“陛下敕书的旨意是不允许我们再事奉大王的。如果我们现在私下去谒见大王，肯定要因此获罪而死，因此我们不敢接受大王的教令！”李世民发怒，对尉迟恭说：“房玄龄、杜如晦难道要背叛我吗！”他摘下佩刀交给尉迟恭道：“明公前去察看一下情况，如果他们果真没有回来的意思，可砍下他们头回来见我。”尉迟恭前去，与长孙无忌一起明示房玄龄等人说：“大王已经将行动的计划决定下来了，众位明公应该速去秦王府中共议大事。我们四个人不能在街道上同行。”于是命令房玄龄和杜如晦穿上道士的服装，与长孙无忌一同进入秦王府，尉迟恭则经由别的道路也来到了秦王府。[16]
武德九年六月初三己未日（626年7月1日），太白金星再次在白天出现在天空正南方的午位。傅奕秘密上奏道：“金星出现在秦地的分野上，这是秦王应当拥有天下的征兆。”高祖李渊将傅奕的密奏给秦王李世民看。于是李世民乘机秘密上奏父皇，告发李建成和李元吉与后宫的嫔妃淫乱，而且说：“儿臣丝毫没有对不起皇兄和皇弟，现在他们却打算杀死儿臣，这简直就像要替王世充和窦建德报仇。如今我快要含冤而死，永远地离开父皇，魂魄归于黄泉，如果见到王世充诸贼，实在感到羞耻！”李渊望着李世民，惊讶不已，回答道：“明天朕就审问此事，你应该及早前来参见朕。”[17]
武德九年六月初四（626年7月2日），秦王李世民率领长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等人入朝，并在玄武门埋下伏兵。[2]张婕妤探知了李世民的谋划，暗中告知李建成。李建成于是与李元吉私下谋划策略，李元吉建议李建成称病不朝，李建成则认为京城防备严密，没有在乎。此时，李渊已经将裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、裴矩等人召集前来，准备查验李建成、李元吉淫乱后宫这件事情。[3]
李建成、李元吉来到临湖殿，察觉到了变化，立即掉转马头，准备向东返回东宫和齐王府。李世民跟在后面呼唤他们，李元吉心虚，先张弓搭箭射向李世民，但由于心急，一连两三次都没有将弓拉满，箭没有射中。李世民搭弓射箭，射杀了李建成。而尉迟恭带领着七十余名骑兵相继赶到，他身边的将士用箭射中了李元吉，李元吉跌下马来。可就在此时，李世民的坐骑受到了惊吓，带着李世民奔入玄武门旁边的树林，李世民又被林中的树枝挂住，从马上摔下，倒在地上，一时爬不起来。李元吉迅速赶到，夺过弓来，准备勒死李世民，就在这时尉迟恭跃马奔来大声喝住了他。李元吉赶紧放开李世民，想快步跑入武德殿寻求李渊庇护，但尉迟恭迅速追上，射杀了李元吉。[4]
太子李建成的部下、东宫翊卫车骑将军冯立得知李建成被杀，叹息道：“难道能够在太子生前蒙受恩惠而太子一死便逃避祸难吗！”于是，他与副护军薛万彻、屈直府左车骑谢叔方率领东宫和齐王府的精锐兵马两千人，急驰赶到玄武门，准备为太子和齐王报仇。危急时刻，张公谨臂力过人，他独自关闭了大门，挡住冯立等人，冯立等人无法进入。东宫余党冯立、谢叔方率兵犯玄武门。而守卫玄武门的将领，云麾将军敬君弘挺身出战，与中郎将吕世衡大声呼喊着向敌阵冲去，被东宫将领冯立所杀害，全部战死。[4]
把守玄武门的士兵与东宫薛万彻等人奋力交战，战争持续了很久，薛万彻擂鼓呐喊，准备进攻秦王府。这时，尉迟恭提着李建成和李元吉的首级给薛万彻等人看，东宫和齐王府的人马顿失战心，迅速溃散，薛万彻与骑兵数十人则逃入终南山中。冯立则丢掉兵器，落荒而逃。[4]
政变发生时李渊正在宫内的海池上划船，李世民让尉迟恭入宫担任警卫。尉迟恭身披铠甲，手握长矛，径直来到李渊所在的船上。李渊大惊，问道：“今日作乱的人是谁?爱卿到此做什么?”尉迟恭回答道：“秦王因为太子和齐王作乱，起兵诛杀了他们。秦王殿下担心惊动陛下，故派臣担任警卫。”李渊对裴寂等人说：“不料今天竟然会出现这种事情，你们认为应当怎么办呢?”萧瑀和陈叔达说：“建成与元吉本来就没有参与举义兵反抗隋朝的谋略，又没有为天下立下功劳。他们嫉妒秦王功劳大，威望高，便一起策划奸邪的阴谋。现在，秦王已经声讨并诛杀了他们，秦王功盖宇宙，天下归心，陛下如果能够决定立他为太子，将国家大事委托于他，就不会再生事端了。”李渊说：“好！这正是我素来的心愿啊。”[5]
当时，宿卫军和秦王府的兵马与东宫和齐王府的亲信交战还没有停止，尉迟恭请求高祖颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，李渊听从了他的建议。天策府司马宇文士及从东上阁门出来宣布敕令，众人便这样安定下来了。李渊又让黄门侍郎裴寂前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，将士们便都弃职而散。于是，李渊召李世民前来，抚慰他说：“近些日子以来，我几乎产生了投杼的疑惑。”李世民跪了下来，伏在高祖的胸前，号啕大哭良久。[5]
秦王府诸将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，尉迟恭再三争辩说：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！”于是诸将领停止了追杀。当天，李渊颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项事务，都交由秦王处置。[7]
武德九年六月初五（626年7月3日），冯立和谢叔方都自动出来负罪。薛万彻躲起来以后，李世民多次让人明示他，于是他也出来了。李世民感慨地说：“这些人都能够忠于自己所事奉的人，是义士啊”！便赦免了他们。[7]
武德九年（626年7月10日），李渊任命政变功臣宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左卫率，程知节为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子冼马，论及政变的功劳，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。高祖还特别嘉奖尉迟恭，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。”于是把齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给了尉迟恭。[8]
政变之前，太子冼马魏徵经常劝说太子李建成及早除去秦王。李建成败亡后，李世民传召魏徵，问道：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢?”大家都为魏徵担惊受怕，魏徵却举止如常地回答道：“如果已故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。”李世民素来器重他的才能，便改变了原来的态度，对他以礼相待，引荐他担任詹事主薄。李世民还将王圭和韦挺从巂州（治所在今四川西昌）召回，两人和魏徵一起都担任了谏议大夫。任命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳。[10]
武德九年（626年8月4日），任命宇文士及为中书令，封德彝为右仆射。天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞候段志玄为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为左武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。[11]
武德九年（626年7月5日），李渊立秦王李世民为皇太子。[9]
武德九年（626年7月14日），高祖将亲笔诏书赐给裴寂等人说：“朕应当加上太上皇的尊号。”[12]
武德九年（626年9月3日），李渊颁布制书，将皇帝位传给太子李世民，世民坚决推辞，李渊不许。[13]
武德九年（626年9月4日），李渊传位于皇太子李世民，李世民在京师长安的东宫显德殿即皇帝位。[13]
司马光《资治通鉴》：“立嫡以长，礼之正也。然高祖所以有天下，皆太宗之功；隐太子以庸劣居其右，地嫌势逼，必不相容。向使高祖有文王之明，隐太子有泰伯之贤，太宗有子臧之节，则乱何自而生矣！既不能然，太宗始欲俟其先发，然后应之，如此，则事非获已，犹为愈也。既而为群下所迫，遂至蹀血禁门，推刃同气，贻讥千古，惜哉！夫创业垂统之君，子孙之所仪刑也，彼中、明、肃、代之传继，得非有所指拟以为口实乎！”[22]
苏辙《历代论》：“唐高祖起太原，其谋发于太宗，诸子不与也。及克长安，诛锄群盗，天下为一，其功亦出于太宗。盖天心之所副予，人心之所归向，其在太宗者审矣。至立太子，高祖以长立建成，建成当之不辞。于是兄弟疑间，卒至大乱。夫建成不足言也，其咎在高祖。”[21]