至2006年末，全市有卫生机构1692个，其中医院99间。卫生机构病床17553张，其中医院病床16193张。卫生技术人员4.24万人。全年各级各类医疗机构完成诊疗量4826.80万人次。主要医院有：
深圳人民医院。地处罗湖区。前身是宝安县人民医院，现发展成为一个功能齐全、设备先进、人才结构合理、技术力量雄厚的现代化综合性医院。1994年被评为深圳市第一家“三级甲等”医院。
深圳第二人民医院。原名深圳市红十字会医院。是深圳市两所市级大型三级甲等综合性医院之一。床位1100张，设有29个病区。
北京大学深圳医院。原名深圳中心医院。是深圳市政府投资新建的综合性现代化大型医院，纳入北京大学医疗体系管理，是深圳市、北京大学、香港科技大学医疗中心的临床、教学和科研基地。
深圳中医院。始建于1975年，已发展为集医疗、教学、预防、保健、康复为一体的综合性中医院。