上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔黏膜科建立于1952年，为我国早建立的、以研究和治疗口腔黏膜疾病为主的单位之一。科室是临床重点专科建设单位、中医药管理局“十二五”重点专科建设单位，是口腔黏膜病专业博士点单位，是全国口腔黏膜病领域名列前茅的优势学科。科室医师对口腔黏膜十大类疾病的诊治均有经验，并以“口腔黏膜癌前病变的诊治研究”为主攻目标，在中西医结合诊治黏膜病方面有较深入的研究。科室目前有专科医师14名，其中具有博士学位者9人，硕士学位者5人。博士生导师2名，硕士生导师2名，2名，副及副主任医师4名。

口腔黏膜科目前已承担了自然科学基金、科技部、教育部、“十五攻关”项目以及上海市科委、教委和卫生局等大量重要研究项目。在提高自身学术水平的同时，也加强建立一个国内及合作的学术网络。2001年6月起与该市同济大学口腔医院、华山医院、东方医院、曙光医院、上海市人民医院、上海市口腔病防治院等单位进行了口腔黏膜病的临床和科研协作。口腔粘膜科多名医师还以访问学者和进修形式完成了与美国、日本、德国、新西兰等国大学或医院的合作课题或学术交流，多次邀请美国、日本、韩国以及香港特别行政区的学术界来院做专题报告和学术讨论，加强了对外交流。口腔粘膜科成功主办多次全国口腔黏膜病学术会议，扩大了学术影响。

科室一周六天开设专科门诊和门诊，使用药物、微波、激光、手术、局部封闭等多种方法治疗口腔黏膜疾病取得了满意疗效，在全国位居先列，并在上享有一定声誉。