诱发腹痛的病因很多，应分清症状性、消化道功能性与器质性。
1.症状性 多为肠道外疾病引起，如上呼吸道感染，化脓性扁桃体炎，肝、胆疾病，泌尿系疾病，肠道寄生虫病均可引起腹痛。肠寄生虫病在既往曾是腹痛的最常见病因，近年来由于饮食卫生的改善,肠寄生虫病已明显减少，尤其在城市。
3.功能性 最多见的病因是饮食不当、乱吃零食，过食冷饮，便秘，消化功能紊乱引起的腹痛(亦称功能性消化不良)。
4.精神性 国外亦有报告认为与小儿心理因素障碍有关，如紧张、压抑等。
5.慢性胃炎及幽门螺杆菌感染 近年来的研究认为再发性腹痛与慢性胃炎及幽门螺杆菌感染有关。如北京复兴医院通过纤维胃镜检查76例再复性腹痛，发现消化道黏膜病变47例(浅表性胃炎25例、反流性胃炎2例、糜烂性胃炎2例、胃黏膜脱垂3例、十二指肠炎10例、食管炎1例、浅表性胃炎加十二指肠炎4例)占61.84%。溃疡病13例，占17.1%。幽门螺杆菌阳性33例，占43.4%;上海瑞金医院对26例非溃疡性消化不良胃镜与病理检查发现浅表性胃炎25例,浅表萎缩性胃炎1例。