不少细菌和病毒可引起新生儿流行性腹泻。如①埃希大肠杆菌 以致病性大肠杆菌(EPEC)最多见。②沙门菌 80年代中国有些地区多次发生鼠伤寒沙门菌引起的暴发流行性腹泻，病情相当严重，但也有阿哥纳沙门菌引起的极轻型小流行。③其他细菌 如空肠弯曲菌、绿脓杆菌、变形杆菌等虽可引起新生儿腹泻，但很少引起大流行。④轮状病毒 是病毒性腹泻中最常见的病原，在新生儿中可以引起流行性腹泻。还有轮状病毒样因子如微型轮状病毒偶也可以引起流行性腹泻。其他如冠状病毒、柯萨奇B型病毒和埃可病毒虽都可引起腹泻，但未引起流行。