南头站于2009年开工建设；于2011年5月广场地面铺设、花池、人行道、港湾式候车亭、排水系统、环站路面等工程建设竣工；于2011年6月19日广场绿化工程完工；于2012年9月19日投入使用。截至2012年9月，南头站总建筑面积2.6万平方米，站房面积3652.5平方米，设计为三层结构，设计站台规模2台2线。2002年11月21日，广珠城际铁路的初步规划方案发布，南头站为线路中间站之一。2009年，南头站正式开工建设。2010年10月，南头站场配套设施进行设计招标，总建筑面积约2.6万平方米；同年12月，南头站售票厅、候车厅等设施已建设完毕，装修工程也基本完成。 2011年5月，南头站广场地面铺设、花池、人行道、港湾式候车亭、排水系统、环站路面等工程建设竣工；同年6月19日，南头站广场绿化工程完工。2012年9月19日，南头站开通。