2005年

3月，清算中心正式成立，开始负责“一金一费”（民航基础设施建设基金、民航机场管理建设费统一征收），为民航安全发展提供资金安全保障。

备注：2012年“一金一费”合并为民航发展基金。

2007年

1月，国内航空公司空管服务收费纳入统一清算体系。

2007年

4月，清算中心与国际航协清算机构签订合作协议。

2010年

1月，为落实民航局“一切资金归大账、所有账户上系统”指示，正式上线民航财务管理信息系统（二期）。

2010年

10月，为强化民航局对政府性基金及空管收费的监管，提高资金清算效率和征管水平，正式上线民航清算管理系统。

2010年

12月，为便于资金统一结算管理，正式上线民航资金结算管理系统。