分子肿瘤学重点实验室是我国在肿瘤基础研究领域中的一个开放性研究基地,于1988年11月建成。实验室现有科研人员31人，包括中国科学院院士吴旻研究员，长江学者特聘1人，杰出青年基金获得者4人。

实验室的研究方向是研究细胞癌变过程中遗传物质的多种改变，阐明肿瘤遗传易感性和环境致癌因素的关系，探讨细胞周期调控和细胞凋亡在维持基因组中的关系，以及基因组不稳定性与细胞癌变的分子机理;探寻延缓、阻遏或逆转肿瘤癌变和发展过程的可能途径，为肿瘤预防、早期诊断和治疗提供理论基础。

该室承担了“九七三”、“八六三”攻关课题和自然科学基金重大项目等多项级课题,根据我国的实际情况，针对我国常见肿瘤食管癌和肝癌等进行了系统和深入的研究，做出了卓有成效和具有特色的工作，取得了良好的研究成果。近年来，在杂志上发表论文40多篇，国内学术刊物百余篇。该室是中国协和医科大学细胞生物学、免疫学博士学位授权点，博士后流动站。