1937年3月中旬，红西路军征战河西失利后，召开了石窝会议。会后，红西路军九军军长孙玉清随王树声、朱良才、杜义德、李聚奎、方强等所率的右支队一起行动，沿祁连山向东南游击。4月上旬的一天，孙玉清在数次遭遇战中与战友失散，只余孤身一人，辗转来到今肃南裕固族自治县祁丰乡观山河口的大草滩，在这里，他不幸被进山搜捕的“肃州保安团”第五民团发现俘获。
1937年5月初，孙玉清被押送到酒泉城马步康旅部。马步康将此事电告马步芳后，马步芳命他将孙玉清押往青海西宁。
孙玉清被押解西宁后，引起很大反响。马步芳亲自召集军政要员，在省政府礼堂东客厅“会见”孙玉清。孙玉清昂首阔步，神态自若，不改革命军人威武气魄。坐定之后，孙玉清义正辞严地说：“我西路军这次失败，是犯了兵家大忌孤军深入的大错，没有补给，武器装备全靠蒋介石运输大队长送来，同时吃了你们骑兵的亏。你们作战全无计划，全靠猛冲猛打、人海战术，只是侥幸取胜而已。”
马步芳见孙玉清年轻，有“战将”风度，便想“软化”诱降，为己所用。在“软化”孙玉清的宴席上，马步芳说：“孙军长这么年轻，确实是个将才，何必为共产党受苦……”
孙玉清回答说：“共产党是为穷苦大众的，我孙玉清生为穷苦大众，死也为穷苦大众！”
马步芳又“陪”孙玉清视察在西宁南门外强迫劳动的红西路军战俘，他指着衣不蔽体的战士们说：“孙军长，这都是你手下的人吧！”
孙玉清回答说：“是的，别看这些人年纪小，打起仗来却英勇无比！”
马步芳连讨没趣，便不再“陪同”，由他手下官兵监押孙玉清去马敌陆军医院“参观”。
医院里关押着30多名女战士在做苦役，听说孙军长来了，都不顾一切地围了上去。孙玉清一一向她们问候，并鼓励她们继续革命。
马步芳劝降无效，电告蒋介石。一周后蒋介石回电，命令对孙玉清以“危害民国罪，处以极刑”。
1937年5月下旬的一天深夜，马步芳派属下耿文魁和传令兵马昌龙、马国成、马哨黑来到东关洋火场，提押孙玉清。马敌将孙玉清捆绑在马忠义住所后院马槽边的一根柱子上，执大刀残忍杀害。孙玉清时年仅28岁。