小儿外科成立于1981年，是我院创始科室之一，当时床位15张，专科医师5名。现已发展成为有专科病床38张，目前有在岗工作的(主任医师)3人，其中硕士生导师2名，副(副主任医师)5名，每年完成小儿外科手术约2，000余例，年门诊量20，000余人次，是浙南地区的小儿外科疾病临床诊治中心。目前是浙江省医学会小儿外科分会主任委员单位。温州医学院党委副书记陈肖鸣、现任科主任李仲荣是该学科的学科带头人。

小儿外科收治14岁以下小儿的外科疾病。从1981年创立以来，小儿外科逐渐形成了小儿普外，小儿泌尿，小儿肿瘤，新生儿外科等专业组(小儿心胸外科、小儿骨科另独立设科)，诊治水平有了极大的提高。我科在努力提高率的同时，还注重功能恢复和美容效果的改善。除开展斜疝，鞘膜积液，隐睾等儿外常见病治疗外，经肛门巨结肠手术，pena术治疗先天性肛门闭锁，先天性胆道闭锁肝门空肠Roux-Y吻合术，环状胰腺十二指肠十二指肠侧侧吻合术，离断式肾盂输尿管成形术等均已是我科常见的手术方法，并取得了肯定的疗效；同时对手术技术不断的进行了创新，减少了术后并发症。另外，还开展巨大腹部肿块及腔静脉瘤栓切除术，肾上腺嗜络细胞瘤切除术，巨型腹裂和脐膨出修补术，肝肿瘤切除术，后尿道狭窄成行术，先天性尿道下裂成形术等手术，均取得了较好的疗效。此外，小儿外科还开展了小儿膀胱镜检查,小儿腹腔镜手术，上消化道功能检测和肛门直肠动力学检查等新技术。小儿微创手术是我们今后的发展方向，包括腹腔镜手术等各种内窥镜手术、小切口或切口美观、隐蔽的手术等，一切为方便病人，减少患儿痛苦，加快术后康复，缩短住院时间，较少费用。我们将以优质、热情的服务和精湛的医术欢迎患者前来就诊。

目前我科为温州医学院重点建设学科，医院重点建设学科，2007年小儿普通外科学被评为浙江省医学重点扶持建设学科。近五年来承担省部级研究项目6项，厅局级研究课题10余项及多项院内研究课题。承担着温州医学院临床医学儿科专业方向小儿外科本科教学工作；2001年起招收硕士研究生，具有硕士学位授予权，目前已招收硕士研究生15名，毕业硕士研究生7名。2006年小儿外科还成功地通过了卫生部专科医师培训试点基地的评审。