外科（含肛肠科）技术力量雄厚，拥有普外科技术职称、硕士研究生导师、副技术职称、硕士研究生、普外科临床本科生的诊疗梯队。

外科室是安徽中医药大学中医外科学及中西医结合外科学教学及科研基地，融医疗、教学、科研诸方面为一体。以中西医结合为基础，不仅充分发挥中医药治疗特色，而且采取先进的现代腹腔镜外科技术进行专科疾病的诊治。既有较强的现代腹腔镜微创外科实力，又有突出的中医中药治疗外科疾病优势。普外科自重组以来，致力于学术人才的培养，在各个外科领域均有把关，目前能熟练开展各种复杂和难度较大的外科手术，包括胃、结、直肠癌性切除手术，肝叶部分切除手术，甲状腺、乳腺、四肢血管手术、脾切除手术，各种微创手术如腹腔镜胆道切开取石、引流、胆囊、阑尾切除、疝修补术，腹腔镜胃结直肠癌术等。同时，科室十分注重专科专病建设，发挥祖国传统针灸优势，善于运用中医中药解决外科疑难问题，把中医针灸、中药和恶性肿瘤新辅助化疗、现代外科手术结合起来，既减少了外科手术创伤和并发症的发生，又提高了手术疗效，使外科在治疗消化道恶性肿瘤、各种复杂性的肠梗阻、肝内外胆管结石、急性坏死性胰腺炎、门静脉高压症等方面具有自己的特色和优势。并申请参与合作完成自然科学基金、中医药管理局、安徽省科技厅、教育厅等多项科研项目。