广西妇幼保健院小儿外科创建于1979年，为区内早成立的小儿外科专业科室。20世纪90年代后期，小儿外科得到迅速发展，无论是医疗技术、学科建设、人才培养均有长足进步。先在区内引入腹腔镜技术，至今已完成先天性巨结肠症、急性阑尾炎、高位隐睾、小儿疝气、鞘膜积液、先天性膈疝、新生儿黄疸、先天性胆总管囊肿等其他小儿腹腔疾病的治疗。《腹腔镜下新生儿、婴儿巨结肠症术的研究》课题于2003年通过省级鉴定，技术已达区内领先、国内先进的水平。小儿微创外科及新生儿外科等处于广西领先地位，多项技术达国内先进水平。小儿外科收治区内外的小儿外科疾病，对疑、难及危重患儿的救治有较高的成功率。科室整体技术力量雄厚，医术精湛。科室人员开拓进取，精益求精。现有床位40张，医护人员21人，其中主任医师2人，副主任医师2人，主治医师1人，住院医师5人。

日常开展的业务及诊疗范围

包括：小儿微创外科、新生儿外科、小儿肛肠、小儿肝胆、小儿恶性室体肿瘤、小儿胸外及小儿泌尿外科等专业。