2004年6月，中华人民共和国国家发展和改革委员会批准福厦铁路正式立项，项目规划途经莆田市。2005年7月，中华人民共和国国家发展和改革委员会批复《新建福州至厦门铁路可行性研究报告》，规划在莆田市设站。2006年6月，福厦铁路全线开工建设，途经莆田市涵江区设涵江站。2009年10月，涵江站开工建设。2010年4月26日，随着福厦铁路建成通车，涵江站投入客运运营。2019年12月30日起，涵江站开始推行电子客票，旅客无需取票，刷证即可乘车。