余杭南站建筑面积13000多平米，采用“下进下出”的流线模式组织客流，结构形式类似地铁站或轻轨站，候车厅位于地铁线路正下方。从沪杭高速余杭出口下，掉个头就能看到右侧的建筑主体——现代感十足的余杭南站。从目前来看，坐落在临平镇新城南翼的余杭南站是最容易找的，也是沿线所有车站中惟一建在高架上的车站。 大厅东侧的拱门造型十分惹眼，戴着安全帽的工人们介绍说，这几扇拱门只是为了装饰，不过这个区域以后会是车站的商业区，设置客服中心和小卖部等。车站站台的建造也人性化十足，让人联想到游乐场内排队等待游乐项目的等候区。