病理科是我院建院时早成立的科室之一，科室承担温医附二院、儿童医院及眼视光医院、口腔医院的常规病理诊断，术中快速病理诊断及以细胞学、免疫组织化学诊断等工作，现设有普通病理、儿童病理、妇科病理、疑难会诊、司法鉴定等专业组。同时承担温州医学院病理学教学和本学科及相关学科硕士研究生的培养，也是卫生部批准的浙江省临床病理医师进修培训基地之一。现拥有高中级专业人员8人，其中正高5人、副高1人、中级1人、主管技师1人。科室医疗用房500多平方米。拥有Sandon冷冻切片机2台，Sandon脱水机及包埋机各2台，Sandon染色机、打码机、切片机各1台，Leica2035、2028石蜡切片机、多头(五人)共览显微镜各1台、LeicaDMLB、BX40及NIKONE50i等光学显微镜10台。Olympus显微照相显微镜及光学显微镜数台、朗珈彩色病理图文分析系统等仪器设备，其中多台进口的仪器设备，并在不断更新中。

病理科年医疗工作量：外检为27000余例、冷冻快速诊断4000余例、细胞学15000例、免疫组化1000余例、司法鉴定数十多例、同时兼顾本地区及周边地区(如闽北、丽水、台州等)疑难会诊。我科坚持以病人为中心、质量为核心的服务宗旨，加强和完善质量管理体系，在服务态度、服务质量和时间上使病家满意。每年均参加省病理质控活动及近年开展的全国免疫组化操作质控活动均获成绩。病理科承担本科理论和实验课教学每学年1000余学时数，接受进修生1~2名，研究生1~2名。参与编写病理学教材2本，已出版;自编教学复习题一本；承担和协助完成省市课题10多项部分获奖。其中一项获省人民科技成果奖。近5年来发表论文50余篇。