脑外科成立于1993年10月，是县重点学科。核定床位22张，执业医师6名，其中主任医师1名、副主任医师2名。

科主任蒋小杰1990年毕业于浙江医科大学，2007年晋升主任医师，现为副院长、安吉县学术技术带头人，医学会秘书长。朱世早副主任医师为安吉县第二批专业技术拨尖人才。

脑外科在颅脑损伤和高血压脑出血的治疗方面积累了丰富的临床经验，已开展各类脑部手术1300余例。诊治各类脑外科病人超过1.5万人次，占安吉县脑外科病人总数的80%以上。手术范围包括各类脑内血肿、硬脑膜下血肿、高血压脑出血、各种脑血管疾病、大脑凸面肿瘤、小脑肿瘤、脑室腹腔分流手术等。年门诊人次500余人次，年住院人次1000余人次。