北京中医药大学第三附属医院眼科自2007年与五官科分离，现独立开展门诊。目前，有3名医生，1名护士，其中，主治医师2名，硕士研究生１名。

眼科配备了先进的检查治疗仪器，如：进口裂隙灯显微镜，手术显微镜，电脑验光仪，非接触眼压计，视野计等，可根据需要进行相关检查，并根据患者病情采取中西医结合的药物及手术治疗。目前，眼科对于各种眼表疾病（结膜炎、角膜炎、巩膜炎、干眼症等），色素膜炎、视神经病变、高血压、糖尿病等全身因素引起的眼底出血性疾病采用中西医结合治疗；可开展外眼整形，鼻腔泪囊吻合，小儿斜视，白内障，青光眼等手术；可对小儿、青少年以及老年人的屈光不正进行专业电脑验光与人工验光相结合，规范配镜。