成立于1973年。至今已行胃镜下诊断和治疗20余万例，肠镜下诊断和治疗1万余例。30年来，内窥镜室已发现早期胃癌600余例，成功抢救了诸多病人的生命。围绕“早期胃癌诊断和治疗”开展了一系列科学研究工作，曾多次获、卫生部及上海市科研成果奖。先后发表医学论文40余篇。带教全国各地医院前来进修的医师数百名。

目前内窥镜室有副主任医师一名，主治医师二名，住院医师一名，护士二名。有奥林巴斯电子胃镜三台，高频电凝电切仪一台，氩离子血浆凝固器一台。使用离子水、酶洁液、微波震荡器等对胃肠镜彻底消毒。使用一次性活检钳杜绝交叉感染。每年行胃肠镜检查8000余例，其中三分之一为静脉麻醉下无痛苦检查。每年行胃肠镜下治疗200余例次，包括内镜下止血，胃肠道息肉电凝电切术，疣状胃炎氩气刀治疗术，食管静脉曲张硬化剂治疗及皮圈套扎术，食管贲门吻合口狭窄扩张术，晚期食管癌支架置入术，消化道异物钳取术等。