温州医学院附属医院泌尿外科为2002年院级重点专科，2002年被医院评为重点科室。

1962年成立了泌尿外科组，是泌尿外科的雏形；1975年泌尿组和脑外、肿瘤、烧伤等专业组合并成外二科；1991年正式成立了泌尿外科；1995年11月肾移植分离成立移植科；1996年与妇产科合作筹建生殖医学中心；1999年成立男性专业，同时成立尿动力实验室及男性实验室。科室现附有体外震波碎石室、尿动力学检查室、男性实验室。现有医师16人其中主任医师3人，副主任医师5人，主治医师3人，住院医师5人；护士12人，主管护师1人，护师5人，护士6人。

1978年泌尿外科开展男性学的研究，如精子轨迹摄影、精子冷冻保存、人工授精等。1980年开展肾移植动物实验，开展自体肾移植术治疗复杂性肾脏结石、肾性高血压，为以后的异体肾移植打下了基础。同年开展血液透析治疗慢性肾功能衰竭（86年后并入肾内科）。1984年用显微手术治疗乳糜尿及睾丸自体移植术治疗高位隐睾，并开展了淋巴管造影术，其例数在国内是领先的，为浙江省填补了空白。1985年与肾内科合作，医院首例异体肾移植术获得成功。1987年在省内率先开展经尿道前列腺及膀胱肿瘤电切术。1988年在省内早应用体外震波碎石术。1991年开展了经尿道输尿管镜治疗输尿管结石手术。1996年与妇产科合作筹建生殖医学中心，迅速开展单精子卵泡穿刺，并取得较好业绩。2002年开展了腹腔镜下肾囊肿去顶术、肾上腺肿瘤摘除术、输尿管切开取石术、肾门淋巴管结扎术、肾癌术、肾盂整形术等。

科室历年发表论文100余篇，其中国外杂志3篇，国内一级杂志20余篇。成功申报省、市、厅级及医学院级课题10余项。科研经费已达人民币20多万元。历年课题曾获浙江省科技进步奖三等奖1次、浙江省医药卫生科技创新二等奖4次、浙江省医药卫生科技创新奖三等奖1次、温州市科技进步与创新二等奖1次、温州市科技进步与创新三等奖2次。2001年被学位委员会定为硕士点，并于2002年开始招收硕士研究生。