协和医院口腔内科包含牙体牙髓病学、牙周病学、口腔粘膜病学、儿童牙科以及综合类的牙科镇痛与镇静等专业。牙体牙髓病学专业与牙周病学专业分别与医院内分泌科和血液科合作，在合并系统疾病的牙科相关治疗方面取得了不错的成绩，并可以此为基础获得进一步的科研及临床研究突破。粘膜病学专业与医院免疫科已有多年合作的历史，在干燥综合征的诊断、分类研究方面，在国内处于领先地位，并参与了机构的相关研究。粘膜病学与其他科室的合作仍是协和口腔发展的一大亮点，包括与血液科、感染科、皮科以及中医科等的合作。协和口腔有关牙科镇痛与镇静的研究始于1999年，通过与麻醉科、儿科、特需医疗部和心理医学科的合作，并在科内促进了口内各专业甚至包括口外专业的合作。广泛开展了各项治疗患者牙科恐惧的技术，如心理疗法、无痛牙科治疗技术、各类清醒镇静下牙科治疗技术、深度镇静和全麻下牙科治疗技术等等。