一般不存在哪种益生菌效果最好，可以根据医生指导进行检查后，结合自身情况选择合适的益生菌，如地衣芽孢杆菌、乳酸菌、双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌、布拉氏酵母菌等。
1、地衣芽孢杆菌：该益生菌对葡萄球菌、酵母菌等均具有拮抗作用，遵医嘱使用后，有助于促进肠道内的有益菌生长，从而调节肠道菌群和肠道微环境。该药物一般成人在医生指导下一次2袋，一日3次即可；儿童一次1袋，一天3次。若对地衣芽孢杆菌过敏或是正在服用其他抗菌药物，则需避免使用该益生菌。
2、乳酸菌：乳酸菌进入身体后，能够促进机体有益菌生长和刺激肠道分泌抗体，不仅可提高肠道内的免疫力，还能减少病原体入侵。通常成人每次1.2-2.4g，一日3次；而儿童则需遵医嘱一日3次，一次0.4-0.8g。艾滋病患者或癌症接受化疗、放疗的患者，不宜使用该益生菌。
3、双歧杆菌：双歧杆菌可以在消化道黏膜上形成保护屏障，从而阻挡病原体入侵，并且该益生菌还能抑制有害菌生长，从而使肠道微生态保持平衡。此药物，成人和儿童，遵医嘱一日2-3次，一次1-2g即可，孕妇、哺乳期女性应慎用双歧杆菌。
4、鼠李糖乳杆菌：该益生菌对肝功能损伤有一定的促进恢复作用，并且还有保护肝脏的作用，适合肝功存在异常的患者遵医嘱使用，一般每日一袋即可，但是存在肠炎、减肥的群体不宜使用。
5、布拉氏酵母菌：该益生菌对于幽门螺杆菌具有抑制的作用，因此常被医生用于辅助治疗幽门螺杆菌感染引起的胃炎病情，并且还有助于促进消化道内有益菌繁殖。一般三岁以下儿童结合医生建议每次1袋，每天1次即可，成分则每天2次，每次2袋即可。如果存在对果糖不耐受、中央静脉导管输液等，不建议使用该益生菌。
平时养成良好的生活习惯，有助于促进身体代谢和机体益生菌繁殖，如保持睡眠时间充足、保持营养均衡补充等。