上海仁济医院儿科为综合性医院内的二级学科，多年来以儿科临床疾病诊治小儿常见病、多发病为特色。1998年成立了小儿过敏性哮喘防治中心，2000年与成人呼吸科、五官科、皮肤科、中医科一起成立了过敏疾病诊治中心。在不断完善该中心的诊疗项目基础上，同时开展小儿过敏性鼻炎、小儿异位性皮炎等过敏性疾病的诊治，并已建立了一套比较成熟的诊疗常规，取得了较显著的疗效。尤其是脱敏治疗小儿过敏性哮喘与中医穴位注射免疫调节剂进行免疫干预已形成本科特色，取得了病家的普遍认可。

小儿风湿病的诊治是仁济医院儿科又一诊治特色。儿科与成人风湿科紧密合作，已诊治了数百名小儿风湿病人，疗效显著，得到同行普遍认可。

2005年仁济医院儿科又与成人泌尿外科联合开展了小儿泌尿系统疾病内外科的专项合作对小儿隐睾、遗尿症、小儿包茎及先天性泌尿系统畸形、肿瘤进行系列诊治及研究。

0-3岁宝宝的早期智力的开发及喂养是众多年青父母十分关心的问题，为了满足这一需求，仁济医院儿科在原儿保门诊的基础上增添了宝宝专科门诊特色，为年青妈妈提供喂养、智力开发咨询。