位于2号楼2楼，设病理诊断室、技术室、免疫组化室、冷冻切片室、标本陈列室、病理档案室等。拥有德国徕卡ASP300S、TP1020全自动组织脱水机、CM1900恒温冷冻切片机、DM3000显微镜、RM2235切片机、华海病理彩色图像分析PACS系统等设备。主要承担垫江及邻近区县周边地区各医疗单位各种病理检查任务。

主要开展活体组织检查如常规石蜡切片病理检查、手术中冰冻切片病理检查、免疫组织化学染色、宫颈液基细胞学检查、脱落细胞学检查、尸体解剖等，特色各种疑难病及专科疾病诊断和病理分型诊断技术项目。