上海第二医科大学附属瑞金医院外科是上海市重点学科、"九•五"和"十•五"期间"211工程"重点学科、上海市教委第二期重点建设学科、、二周期上海市医学领先专业重点学科、上海市医学重点学科，是外科硕士、博士培养点和博士后流动站。学科组成包括外科门诊、外科急诊、外科病房（10个病区近300张病床）、上海市微创外科临床医学中心、瑞金医院器官移植中心、上海消化外科研究所、外科教研室、外科监护室、《外科理论与实践》杂志编辑部。设有胃肠道癌肿、胆胰疾病、肝门脉疾病、器官移植、微创外科、血管外科、外科重症监护、乳腺和内分泌外科等专业课题组。现拥有一批国内外的外科学。有十余人先后担任全国胃癌、结直肠癌、腹腔镜、胆道或胰腺外科学会（或学组）的正副主任委员或委员、中华外科或上海市外科学会委员、上海市普外科学会主任委员、委员等职，其中有博士研究生导师8名硕士研究生导师10名；先后承担多项以及市、部级重大、重点攻关项目，解决一个又一个医学难题；并获得多项级和市、部级科技奖励；形成了以胃肠道癌肿、重症胰腺炎、器官移植、微创外科为特色的，在各个方面具有综合优势的重点学科。