南京市中医院肿瘤科成立于1993年，2002年评为南京市重点专科，2007年为江苏省重点专科。现已形成了结、直肠癌治疗中心、中西医结合癌痛治疗中心、热疗中心、贫血门诊、营养支持治疗中心等5大中心为核心的覆盖全面，特色明显的诊治体系。联合我院全国肛肠中心，发展中西医结合肠癌的专病建设，在结、直肠癌的内科诊治数量上已经位于南京市前三位，在结直肠癌的中西医结合诊治上处于省内领先水平。

本专科运用中西医结合免疫调节疗法，根据术前、术后、放化疗、恢复期、复发转移的不同免疫状态，综合运用生物免疫、中药内服、针灸、耳压等不同方法调节病人的免疫功能。特色专科制剂扶正生白口服液治疗肿瘤放化疗后引起的白细胞减少，扶正化痰饮治疗胃肠道肿瘤晚期引起的不全性梗阻，具有疗效好，副作用少，费用省的特点。癌痛治疗中心充分发挥中医特长，开展了以消瘤止痛膏巴布剂外敷、穴位注射、针灸、镇痛泵控释止痛、解毒软坚胶囊等药物综合镇痛方法治疗癌痛，疗效显著，同时开设癌痛家庭病床，深受患者欢迎。

肿瘤科于2002年即开展微泵24小时持续滴注化疗，显著提高了化疗药疗效；锁骨下深静脉置管和PICC深静脉置管技术，用于肿瘤病人的输液，减少病人输液痛苦，减轻化疗药物对血管的刺激，并可和微泵24小时持续滴注化疗结合；PCA镇痛泵，持续自控止痛治疗，使用方便高效。2002年10月创立肿瘤热疗中心，用于治疗人体胸腔、腹腔、盆腔深部的原发、复发的恶性实体肿瘤或转移肿瘤以及术后可能存在的亚临床病灶，与放疗、化疗联合具有明显的互补和增效作用，减少放、化疗的毒副反应，技术处于江苏省领先水平。