南京市中医院肾脏科成立于建院初期，现有在职老中医2名，省中西医结合1名，主任医师1人，副主任医师4人，主治医师3人，住院医师3人，其中博士3人、硕士研究生2人。肾脏科设有门诊、病房、血液净化中心等三部分，坚持采用中医、中西医结合方法治疗各类急、慢性肾病，其中，综合疗法治疗肾功能不全取得较好疗效，延缓进入终末期肾衰的进程。

血液净化中心成立于1993年，现有专业副主任医师2人，主治医师2人，住院医师2人，专业护理人员6人，均经过严格的血液净化专业培训。拥有全套美国RO水处理装置，10台当今世界上的血液净化设备。环境宽敞明亮，拥有4个净化室，其中单人净化室2间（供特殊需要），有中心供液、中心吸氧、中心吸引。目前可开展标准血液透析、血液滤过、血液透析滤过、血液灌流、连续性肾替代等先进治疗方法，以及动静脉内瘘成形术，即将开展血浆置换、免疫、血脂吸附等新技术。中心秉承严谨的科学态度，坚持“优质平价”，以质量、信誉吸引病患，年接受血透治疗在6000人次以上，并且每年以20%的速度递增。而且中心发挥传统中医特色，调节病患整体平衡，提高透析患者的生存质量，降低死亡率。