儿科是广东省妇幼保健院主要科室之一，拥有专业技术人员61人，其中担任省市级专科及医学会儿科分会常务理事、专业组副组长4人。该科是广州医学院硕士研究生培养点，有硕士生导师1人。现有医师15人（正高5人，副高10人），医学博士3人，医学硕士22人。儿科下设呼吸哮喘变态反应专科，神经康复专科，儿童急危重症监护中心，内分泌专科，泌尿专科，消化内镜专科，血液免疫专科，心血管专科、中西医结合儿科等九大专科，均有资深专业技术人员为专科学术带头人。有先进的专科评估设备：电子支气管镜，电子胃肠镜，心脏彩超多普勒B超，64层螺旋CT机，16导联多功能脑电图仪，神经行为发育评定训练等等；有完善的专科诊疗常规及全周的主任查房。

儿科现有番禺院区、越秀院区、海珠院区，开放床位150张。2012年门诊量达20万人次。日常医疗临床业务采用先进信息化系统支持处理。门诊实行24小时开诊制度，并设有夜间及周末节假日主任门诊（费用与平日相同），使患者得到优质全方位的首诊医疗服务。儿科运用该院的危重病转运网络接受全省施行24小时出车转运病危病人，抢救成功率达95％以上。