儿童保健科是集保健、科研、管理、教学为一体的专业科室，创立于1944年，一直致力于推动全省儿童健康事业的发展。为广东省儿童保健业务指导中心、广东省儿童保健新技术培训中心、全国儿童死亡监测广东点、广东省妇幼保健院重点专业科室；承担中山大学、广州医学院、广东医学院、广东药学院等高等院校的本科教学及临床教学；业务水平、专科建设、人力资源等方面在全国及全省儿童保健界均处于领先地位。

现有专科医生14人，其中博士研究生1人，硕士研究生7人，职称6人，还有经验丰富高年资主治医生及主管护师多人。

目前儿童保健科主要开展：

1、健康儿童的常规保健，儿童生长发育监测及生长发育障碍的诊治；

2、儿童常见病、多发病（营养不良、佝偻病、缺铁性贫血、小儿厌食症、铅中毒、呼吸道感染、腹泻等）的防治指导；

3、体弱儿、早产儿和内分泌相关（矮小、性早熟、甲状腺功能异常等）疾病的诊治和教养指导；

4、儿童心理行为问题（学习困难、多动症、情绪问题、自闭症和智力低下等）的诊治和教养指导；

5、儿童早期教育工程：0~6岁儿童大脑发育评估与促进训练指导，引导式教育指导和亲子乐园；

6、学龄期儿童智力和发育综合评估，学习能力和感觉统合训练；

7、中医保健（按摩、捏脊、穴位敷贴和婴儿抚触）、推拿（斜颈、足内翻等的矫治）及婴儿游泳等健康促进项目。

此外，该科特色的项目是亲子互动式游戏治疗，系国内引入该治疗模式的机构，得到了澳洲Karitane机构的技术支持。该项目旨在通过亲子互动的干预方式促进幼儿行为的积极转变。帮助父母建立一个有效的亲子互动模式，减少儿童的行为问题，促进更多的亲社会行为，增进育儿技巧，构建和谐家庭。