导致直肠阴道瘘的病因很多，如：
①先天性畸形;
②分娩伤，最为常见，包括滞产和产科手术;
③妇科手术损伤，经腹或经阴道盆腔妇科手术;
④炎症性肠病;
⑤药物腐蚀或异物;
⑥癌肿侵蚀或放射治疗后;
⑦其他穿入或闭合性损伤;如骑跨伤或强奸亦均可形成此种瘘。在诸多病因中，3度会阴撕裂、产科手术如会阴切开，特别是会阴直肠切开，很易发生直肠阴道瘘。对这些损伤未及时发现，或及时修补，或修补后发生感染，终将发生直肠阴道瘘。阴道或直肠手术，特别是靠近齿状线者亦常发生瘘管。