尖锐湿疣作为一种发病率较高的性传播疾病，对于该疾病的治疗目的是清除肉眼可见的疣体、改善尖锐湿疣症状、降低复发几率。治疗方法则可以使用药物治疗法，常用的药物包括足叶草脂、抗病毒药、腐蚀剂、消毒剂、抗癌药等。
1、足叶草脂。足叶草脂适合湿润区域的尖锐湿疣，比如龟头或者会阴部位的湿疣，不过宫颈尖锐湿疣不宜使用该药物。在使用足叶草脂之前，需要先涂抹油质抗菌药膏来对湿疣周围皮肤和粘膜起到保护效果，然后涂抹足叶草脂，4到6个小时后，再使用肥皂水或者30%硼酸水清洗。
2、抗病毒药。一些外用的抗病毒药物也可以用于治疗尖锐湿疣，比如5%酞丁胺霜剂和0.25%疱疹净软膏。不过这些抗病毒药物可能会引发流感样综合症。
3、腐蚀剂。30%-50%三氯醋酸、饱和二氯醋酸、18%过氧乙酸等腐蚀剂药物可用于龟头和肛周部位的湿疣，其具有很好的治疗效果。
4、消毒剂。将20%碘酊、2.5-5%碘酊等消毒剂注射在疣体基部，然后再用新洁尔灭涂抹患处，也可以起到治疗效果。
5、抗癌药。5-氟脲嘧啶、噻替哌、秋水仙硷、争光霉素、平阳霉素等抗癌药物对于尖锐湿疣一定的治疗效果。