2009年12月31日，合福高速铁路福建段正式开工建设，途经福州市闽清县设闽清北站。2013年10月5日，中国铁建十七局集团建筑公司闽清北站第一根桩成功浇筑。2015年6月1日起，闽清北站进入调试阶段。同年6月28日，合福高速铁路通车，闽清北站投入运营。2019年12月30日起，闽清北站开始推行电子客票，旅客无需取票，刷证即可乘车。闽清北站站房位于线路右侧，设计为小型站，采用线侧下式布局及下进下出的组织流线，主体建筑两层，下层为候车室、售票厅，上层为站台，采用钢筋混凝土框架结构。闽清北站设有站前广场、休闲广场、地下商场、配套区域内道路等基础设施。