2008年4月18日，车站开工建设，时称镇江西站。2011年5月17日，经中华人民共和国铁道部批准，正式将京沪高速铁路镇江西站命名为镇江南站，原镇江南站更名为镇江东站。2011年6月30日，伴随京沪高速铁路开通运营，镇江南站投入使用。2018年7月1日，镇江南站开行长编组“复兴号”列车。12月15日，镇江南站优化提升工程开工。2019年11月26日，镇江南站启用电子客票。截至2019年5月，镇江南站设有两个售票厅，位于候车室东侧，各设有4个人工售票窗口，北面售票厅设6台自动售票售票机，南面售票厅设2台自动售票机。镇江南站采用线下候车结构，设有300个候车座位、4个检票口：候车室东侧设有B1、B2检票口，西侧设有A1、A2检票口，通往高架二层的四个站台。车站出站口位于候车室西侧，有两组楼梯连接两座高架岛式站台。出站口设6个出站通道，其中窄通道4个，宽通道1个，人工通道1个。